影片以风景秀丽的长野县为背景，将叙事焦点对准了深受粉丝喜爱的“长野三人组”：冷静睿智的诸伏高明、坚毅果敢的大和敢助以及细腻敏锐的上原由衣。故事的导火索源于毛利小五郎在警视厅时期的旧识“鳄鱼”突遭不测，这起事件如同钥匙，打开了尘封多年的记忆匣子。随着调查深入，线索竟意外地与多年前导致大和敢助身受重伤、失去一只眼睛的悬案产生了千丝万缕的联系。昔日战友的意外、未解的谜团、被刻意隐藏的真相，多重线索交织缠绕。在柯南的敏锐洞察与众人的协力推理下，沉睡的记忆逐渐苏醒，一场围绕忠诚、背叛与救赎的终极解密就此拉开帷幕，长野县的宁静之下，暗流汹涌。