南宋年间，通古县笼罩在“河神”祭祀的恐怖阴影之下。前任县令为满足私欲，假借“河神”之名，暗中掳掠孩童，并散布用孩童祭祀可保平安的谣言，致使民心惶惶，愚昧的祭祀活动屡禁不止。宋慈奉命抵达通古，他首先公开驳斥“河神”作祟的无稽之谈，安抚百姓情绪，并立誓查明真相。随着调查深入，宋慈发现孩童失踪案背后隐藏着复杂的利益网络和地方势力的勾结。他顶住压力，运用其标志性的法医学手段，对有限的线索和尸体进行细致勘验。剧情在层层递进的推理中展开，宋慈逐步揭开了前任县令及其同伙利用民众迷信心理，制造恐慌并实施犯罪的阴谋。最终，在一番惊心动魄的智斗与证据对决后，真凶伏法，无辜孩童获救，笼罩通古县的“河神”迷雾被彻底驱散，彰显了宋慈追求真相、不畏强权的正直品格与断案如神的智慧。